De Minister van Binnenlandse Zaken en Koninkrijkrelaties (BZK) kan vrijstelling van het Bouwbesluit verlenen. Het gaat hierbij alleen om bijzondere situaties, bijvoorbeeld bij experimentele bouw of milieuaspecten. In zulke gevallen hebben B&W de minister een plan voorgelegd dat in strijd is met het Bouwbesluit: met de betreffende prestatie-eis en met de gelijkwaardigheidsbepaling.
Toch zou men zo’n bouwplan willen realiseren. De gemeente moet dan van tevoren te kennen geven een omgevingsvergunning te zullen verlenen als de minister tot vrijstelling van het Bouwbesluit overgaat. Dit gebeurt bijvoorbeeld via de Crisis- en herstelwet. In deze wet geeft de Minister aan voor welke projecten er een vrijstelling van bepaalde onderdelen van het Bouwbesluit zijn gegeven.
Zie ook ‘Gelijkwaardigheidsbeginsel’.